现时威廉玛丽学院拥有一个科系及四个学院：

文理科系Faculty of Arts and Sciences（本科部）

梅森商学院 Mason School of Business （本科部/研究生部）

该学院成立于1919年，原名为威廉玛丽学院商学院（The College of William and Mary School of Business），2005年为纪念梅森商学院美盛集团创始人、威廉玛丽校友雷蒙德·A·梅森（Raymond A. “Chip” Mason）而命名改称为雷蒙德·A·梅森商学院（The Raymond A. Mason School of Business）。梅森商学院在2007年位列全美最佳工商管理学硕士（MBA）项目前20名；本科项目亦排进全美公立大学前10名。学院授予全日制MBA、在职MBA、行政MBA、会计学硕士和商科学士学位。

教育学院 School of Education （本科部/研究生部）该学院成立于1961年，并于1972年授予首个博士学位。现时，威廉玛丽学院教育学院同时向本科生和研究生开放。其中，研究生部拥有全校1/3的在读学士人数和超过半数的在读博士生人数。教育学院的职业教育项目已获弗吉尼亚州教育部门的认证，而学院本身也经过了国家教师教育认证协会（NCATE）的认证。2007年，威廉玛丽学院教育学院被《美国新闻与世界报道》（U.S. News & World Report）排在全美最佳教育学院（研究生院）前50名内。教育学院拥有自己的图书馆，即教育学院图书馆（School of Education Library）。

目前，威廉玛丽学院教育学院通过提供博雅教育从而更好地结合本科生和研究生参与学习。

法学院 School of Law （本科部/研究生部）

威廉玛丽学院的法学院成立于1779年，由威廉玛丽学院校友托马斯·杰斐逊推动建立，是全美历史最悠久的一所法学院。1980年，法学院从威廉玛丽学院本部搬迁至离本部校区不远的威廉斯堡城郊。2000年，经过翻修的学院增加了新翼并整修了图书馆。现时，法学院每年维持约650名的招生名额，并为这些学生提供法律博士（Juris Doctor）的基础学位。

2014-2015学年，弗吉尼亚本州籍学生年均就读法学院的费用（包含学费、杂费及生活开支）为46950美元，而非本州籍学生的就读费用则为55950美元。根据法学院公开的2013-2014学年数据，本州籍学生就读三年预计负债后开支为181746美元，而非本州籍学生为210696美元。

2013年，威廉玛丽学院应美国律师协会（ABA）的要求公开数据显示，56.2%的2013届毕业生在毕业后9个月的时间内在无校方资助下获得了长期全职工作，这些工作多数要求提供法律博士学位。威廉玛丽学院法学院公开的毕业生不充分就业率为12.9%，说明学院的毕业生仍有部分学生或在攻读更高学位，或正在从事短期兼职的工作。此外，还有19.8%的毕业生正在从事校方资助的工作。

2016年《美国新闻与世界报道》（U.S. News & World Report）将威廉玛丽学院法学院列为全美法学院第29名以及公立大学法学院第10名。根据学校统计，2017届研究生平均成绩（GPA）的中位数为3.69分，法学院入学考试（LSAT）分数的中位数为163分。

海洋科学院 School of Marine Science（研究生部）

威廉玛丽学院的海洋科学院又称弗吉尼亚海洋科学研究所（The Virginia Institute of Marine Science ,VIMS），成立于1940年，是全美最庞大最古老的海洋学学院。学院的研究方向主要为近海海域学及河口学。

该学院拥有三个校区、57名教员和100-125名学生。学院下设四个学部：生物学部、环境和水生物学部、渔业学部和物理学部，均由弗吉尼亚州政府出资运转。学院的主校区位于弗吉尼亚州的格洛斯特角（Gloucester Point, Virginia）。

学院目前授予海洋科学领域的理学学士（M.S.）和哲学博士（Ph.D.）学位。